VESTA Tutorial 2 (Bond and Polyhedral)


p_9Pada tutorial VESTA kedua kali ini, kita akan belajar menggambar “bond” dan “polyhedral”.

Untuk tutorial kali ini, saya akan mengambil contoh material yaitu LiCoO2 (LCO), material yang banyak digunakan untuk elektroda positif lithium-ion battery.

Seperti biasa, kita mulai dengan menentukan parameter unit cell LCO. (see https://muhammadhilmy.wordpress.com/2015/05/20/vesta-tutorial-basic/) Berikut ilustrasi struktur kristal LCO.

p_1

Kemudian, kita tentukan panjang “bond” dengan klik 2 atom/ion yang diinginkan menggunakan tools “Distance”.

p_2

 

 

Klik 2 atom/ion yang diinginkan. Lihat pada output window di bagian bawah, maka kita dapat melihat panjang “bond”. Misalnya, Co dan O.

p_3

Langkah selanjutnya adalah, membuat “bond” melalui menu Edit, pilih Bond. Tentukan dua atom yang diinginkan, yaitu Co dan O serta isikan nilai pada panjang minimum dan maximum.

p_4

Setelah kita klik OK, berikut adalah hasil yang didapatkan. “Bond” antar atom/ion akan terbentuk.

p_5

Selanjutnya, untuk membuat “polyhedral” , kita tentukan terlebih dahulu jenis “polyhedral” seperti “octahedra” atau “tetrahedral”. Pada contoh kali ini, saya memilih CoO6 octahedral. Setelah kita buat “bond” CoO6 di atas, kemudian pilih Style Polyhedral. Beginilah hasilnya: struktur kristal LCO dengan CoO6 “octahedral”.

p_6

 

Kita juga dapat mengatur “boundary” melalui cara berikut.

p_7

Sehingga, hasil akhir yang didapatkan seperti ini:

p_8

Selamat mencoba ^^

VESTA Tutorial (Basic)


vesta_logoBagi teman-teman yang pernah belajar ilmu material, mungkin tidak asing lagi dengan istilah ‘struktur kristal’, cabang ilmu yang sangat menarik dipelajari. Untuk visualisasi struktur kristal, kita dapat menggunakan VESTA*. Software ini gratis dan dapat didapatkan dengan mudah pada tautan berikut ini: http://jp-minerals.org/vesta/en/download.html Di antara kelebihan VESTA juga adalah, software ini portable, tidak perlu di-install.

*VESTA is a 3D visualization program for structural models, volumetric data such as electron/nuclear densities, and crystal morphologies.

Bagi teman-teman yang sedang menyusun artikel ilmiah, software ini juga sangat bermanfaat. Selain mudah, gambar dengan kualitas tinggi juga dapat dihasilkan. Beberapa contoh artikel saya yang menampilkan “strukur kristal” menggunakan VESTA:

  1. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013468614022749
  2. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378775315008083
  3. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cm504717p

Pada kesempatan kali ini saya akan share dasar-dasar penggunaan VESTA.

Berikut tampilan software VESTA ketika dijalankan:

v_1

Untuk tutorial pertama ini, kita akan menggambar struktur NaCl (sodium chloride).

Untuk menggambar struktur kristal, kita memerlukan data kristal seperti space group, lattice parameter, atomic position. Data tersebut biasa disebut dengan CIF atau crystallographic information file (http://www.iucr.org/resources/cif/spec/version1.1). Di antara website yang memberikan akses CIF ini adalah KISTI (http://icsd.kisti.re.kr/).

v_4

Langkah selanjutnya adalah build new structure melalui Menu File.

v_2

Kemudian isi parameter seperti space group, dan seterusnya ..

v_5

Selanjutnya isi atomic position.

V_6

Klik OK bila sudah selesai. Berikut final image dari NaCl.

V_7

Selamat mencoba 🙂

 

Mengganti Bahasa Blogspot/Blogger


Saat kita ingin membuat sebuah blog di Blogspot/Blogger, maka Blogspot/Blogger akan menampilkan bahasa sesuai bahasa di mana kita berada. Di bawah ini contoh tampilan saat akses dari Korea Selatan.

Jika kita tidak memahami bahasa tersebut tentu kita akan kesulitan. Nah, untuk mengubah setting bahasa tersebut, kita buka alamat http://www.blogger.com/language.g melalui browser kemudian pilih bahasa yang ingin kita gunakan. ^^v